Index

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__init__() (sodirac.adj.graph method) (sodirac.dataprep.GraphDataset method) (sodirac.dataprep.GraphDataset_unpaired method) (sodirac.dataprep.GraphDS method) (sodirac.main.integrate_app method), [1], [2] _edge_list_to_tensor() (in module sodirac.utils) _get_data() (sodirac.main.annotate_app method), [1], [2] (sodirac.main.integrate_app method), [1], [2] _get_model() (sodirac.main.annotate_app method), [1], [2] (sodirac.main.integrate_app method), [1], [2]

_optimize_cluster() (in module sodirac.utils) _priori_cluster() (in module sodirac.utils) _process_domains() (sodirac.dataprep.GraphDS method) _process_labels() (sodirac.dataprep.GraphDS method) _to_tuple_list() (in module sodirac.utils) _train_dirac_annotate() (sodirac.main.annotate_app method), [1], [2] _train_dirac_integrate() (sodirac.main.integrate_app method), [1], [2] _train_dirac_novel() (sodirac.main.annotate_app method), [1], [2]

A

adata_to_cluster_expression() (in module sodirac.utils) annotate_app (class in sodirac.main), [1], [2]

append_categorical_to_data() (in module sodirac.utils) argmax_pred_class() (in module sodirac.utils)

B

balance_classes() (in module sodirac.dataprep)

build_classification_matrix() (in module sodirac.utils)

C

combine_graph_dict() (in module sodirac.adj) combine_multimodal_adatas() (in module sodirac.utils)

compute_entropy_of_mixing() (in module sodirac.utils) ctg() (in module sodirac.utils)

D

data (sodirac.adj.graph attribute)

distType (sodirac.adj.graph attribute)

E

edge_lists_intersection() (in module sodirac.utils)

G

get_adata_asarray() (in module sodirac.utils) get_consensus_edges() (in module sodirac.utils) get_expr_edge_index() (in module sodirac.utils) get_multi_edge_index() (in module sodirac.utils) get_single_edge_index() (in module sodirac.utils) graph (class in sodirac.adj)

graph_computing() (sodirac.adj.graph method) graph_data (sodirac.dataprep.GraphDataset attribute) (sodirac.dataprep.GraphDataset_unpaired attribute) GraphDataset (class in sodirac.dataprep) GraphDataset_unpaired (class in sodirac.dataprep) GraphDS (class in sodirac.dataprep)

I

integrate_app (class in sodirac.main), [1], [2]

K

k (sodirac.adj.graph attribute)

knn_smooth_pred_class() (in module sodirac.utils) knn_smooth_pred_class_prob() (in module sodirac.utils)

L

List2Dict() (sodirac.adj.graph method)

lsi() (in module sodirac.utils)

M

main() (sodirac.adj.graph method) mclust_R() (in module sodirac.utils) module sodirac.adj sodirac.dataprep sodirac.main, [1], [2] sodirac.utils

mx2SparseTensor() (sodirac.adj.graph method)

N

num_cell (sodirac.adj.graph attribute)

P

pp_adatas() (in module sodirac.utils)

pre_graph() (sodirac.adj.graph method)

R

rad_cutoff (sodirac.adj.graph attribute)

RBFWeight (class in sodirac.utils)

S

seed_torch() (in module sodirac.utils) set_alpha() (sodirac.utils.RBFWeight method) sodirac.adj module sodirac.dataprep module

sodirac.main module, [1], [2] sodirac.utils module

T

tfidf() (in module sodirac.utils)